1927年4月17日,國民政府定都南京的前夕,在南京舉行的中央政治會議第74次會議中,李煜瀛(石曾)先生提出設立中央研究院案,決議推李煜瀛、蔡元培(孑民)、張人傑(靜江)3位先生共同起草組織法,此為設立本院最早的紀錄。同年5月9日,決議設立籌備處;7月4日,將正在籌設的中央研究院改列為中華民國大學院的附屬機關之一;11月12日,大學院院長蔡元培先生聘請學術界人士30人,在大學院召開中央研究院籌備會,展開籌備工作。1928年4月10日,國民政府修正中央研究院組織條例,成為不屬於大學院的獨立機關;23日特任蔡元培先生為院長;5月,啟用印信;6月9日,舉行第1次院務會議,宣告正式成立。
抗戰前,本院先後成立了10個研究所,分設京、滬兩地。及至抗戰爆發,本院奉命西遷,分處昆明、桂林、重慶等地。戰爭結束後,方陸續復員,東還京、滬。1949年,再播遷來臺,及時撤遷者只有歷史語言與數學兩個研究所,圖書文物則暫時存放在楊梅火車站倉庫。在朱家驊代院長多方奔走下,方於1954年在南港現址營建院區。來臺後,復經胡適、王世杰、錢思亮、吳大猷、李遠哲、翁啟惠等院長之戮力經營,始有今日之規模。
現任院長為廖俊智院士,接任於2016年6月21日;副院長為周美吟、劉扶東、黃進興三院士,襄助院長處理院務。
尚無職缺。